charisma: An R package to perform reproducible color characterization of digital images for biological studies

Cet article présente « charisma », un package R qui offre un cadre standardisé, fiable et reproductible pour la caractérisation à haut débit des couleurs dans les images biologiques, permettant ainsi d'analyser avec précision l'évolution des couleurs chez des organismes tels que les tangaras.

Schwartz, S. T., Tsai, W. L. E., Karan, E. A. + 5 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Parallel adaptive responses to postponed reproduction increase lifespan and immune defense

Cette étude utilisant des populations de *Drosophila melanogaster* montre que la sélection pour une reproduction retardée entraîne une convergence génétique aboutissant à une longévité accrue, un développement plus lent, une fécondité et une résistance au stress améliorées, ainsi qu'une meilleure défense immunitaire, via des adaptations polygéniques impliquant principalement des gènes liés au développement neural plutôt qu'aux voies canoniques du vieillissement.

Gamboa-Santarosa, K. A., Crestani, G. A., Moran, A. + 5 more2026-02-27📄 evolutionary biology

The not-so-great speciator: Systematics and species limits in a rapid radiation, the Asiatic white-eye complex (Zosterops spp.)

Cette étude adopte une approche intégrative combinant données génomiques et morphométriques pour réviser la systématique du complexe de l'oiseau-yeux blanc d'Asie, révélant une radiation rapide et récente avec des limites d'espèces complexes et une évolution morphologique en cours, bien que certaines divergences phylogénétiques ne correspondent pas encore à des lignées d'espèces indépendantes.

Mays, H. L., McKay, B. D., Nishiumi, I. + 9 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Phylogenomic analyses of the Austral podocarps (Podocarpus: Podocarpaceae) reveals unlikely hybrid ancestry of a New Zealand species

Cette étude phylogénomique révèle que l'espèce néo-zélandaise *Podocarpus nivalis* est un hybride issu du croisement entre *P. laetus* et *P. lawrencei*, illustrant l'importance de l'évolution réticulée et des approches de réseaux phylogénétiques pour élucider les radiations complexes des conifères de l'hémisphère sud.

Khan, R., Biffin, E., Conran, J. + 3 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Pleiotropy and repeated mutation drove convergent domestication of grain amaranth

Cette étude démontre que la domestication convergente de l'amarante a été principalement entraînée par des mutations répétées d'un seul gène affectant la couleur des graines, qui, grâce à un effet pléiotrope réduisant la dormance, ont offert un avantage compétitif dans les environnements agricoles modifiés par l'homme, illustrant ainsi une adaptation écologique largement indépendante de l'intention humaine directe.

Winkler, T. S., Kadner, M., Graf, C. + 4 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Cytonuclear Conflict and Reticulate Evolution in the Morelloid Clade (Solanum, Solanaceae): Insights from Genome Skimming and Network Phylogenomics

En utilisant le génome skimming et la phylogénomique en réseau, cette étude révèle que l'histoire évolutive réticulée du clade Morelloid est façonnée par des événements répétés de capture de chloroplastes, plutôt que par le seul tri linéaire incomplet, expliquant ainsi les conflits cytonucléaires observés chez ces espèces.

Winslow, S., Knapp, S., Särkinen, T. + 1 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Determinants of chromosomal rearrangements in holocentric Leptidea butterflies

En analysant des génomes de papillons Leptidea à chromosomes holocentriques, cette étude démontre que les réarrangements chromosomiques sont principalement déterminés par des clusters d'ADN satellite, de l'ADN ribosomal et des duplications segmentaires plutôt que par les transposons, offrant ainsi de nouvelles perspectives sur les mécanismes évolutifs de ces réarrangements.

Thörn, F., Claret-Imbert, J.-L., Backström, N. + 1 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Phenotypic and Genomic Evidence of Adaptive Tracking in Thermal Tolerance of Wild Populations of an Invasive Drosophila.

Cette étude démontre que la population invasive de *Drosophila suzukii* suit de manière adaptative les fluctuations saisonnières de température via des changements polygéniques subtils dans sa tolérance thermique, un mécanisme distinct des signatures génomiques fortes observées pour des traits oligogéniques comme la résistance aux pesticides.

McCabe, E., Gautier, M., Eller, K. + 8 more2026-02-27📄 evolutionary biology

TRACKING EVOLUTIONARY COSTS OF IMMUNE ADAPTATION AGAINST SINGLE VERSUS COINFECTING PATHOGENS

Cette étude sur *Tribolium castaneum* révèle que l'évolution de la résistance à des infections simples ou multiples n'entraîne pas de compromis de fitness généralisés, mais plutôt une amélioration de la condition corporelle masquant des coûts cachés, tels qu'une réduction de la défense externe par quinone et des coûts reproductifs uniquement en situation de pénurie de ressources.

Seal, S., Tiwari, P., Ghosh, K. + 3 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Ploidy reorganizes ionomic composition across metabolically active and mineralized tissues.

Cette étude démontre que la variation de la taille du génome chez l'escargot d'eau douce *Potamopyrgus antipodarum* restructure la composition ionique de l'organisme par une redistribution coordonnée des éléments chimiques entre les tissus mous et la coquille, reliant ainsi l'architecture génomique à l'organisation chimique systémique.

Jeyasingh, P., Roseman, M., Bliss, J. + 2 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Coding sequence clustering universally predicts fine- and coarse-scale chromatin compartment landscapes

Cette étude démontre que la densité des séquences codantes (CDS) constitue un principe organisateur universel et profondément conservé de l'architecture des compartiments chromatinien, permettant de prédire avec précision les paysages de contact chromosomique à travers 247 espèces, contrairement à d'autres facteurs génomiques comme le contenu en GC ou la densité des CpG.

Cerbus, R. T., Kawaguchi, K., Hiratani, I.2026-02-27📄 evolutionary biology

Calcareous sponge cell atlas provides support to homology between sponge and eumetazoan body plans

En comparant les transcriptomes de cellules uniques d'éponges calcaires et de cnidaires, cette étude valide l'hypothèse de Haeckel en démontrant l'homologie entre les couches corporelles des éponges et celles des eumétazoaires, suggérant ainsi que le plan corporel des éponges représente une étape intermédiaire dans l'évolution animale plutôt qu'une expérience indépendante.

Pan, D., Rajapaksha, D., Caglar, C. + 3 more2026-02-27📄 evolutionary biology

Single capsid mutations modulating phage adsorption, persistence, and plaque morphology shape evolutionary trajectories in {Phi}X174

En combinant évolution expérimentale et modélisation mathématique sur le phage {Phi}X174, cette étude démontre que des conditions de transfert variables sélectionnent des mutations ponctuelles uniques dans la capside qui modulent l'adsorption et la persistance environnementale, révélant ainsi comment des changements simples dans les conditions de propagation orientent les trajectoires évolutives et les compromis phénotypiques.

Reuter, M., Sieber, M., Reyes-Matte, O. + 5 more2026-02-26📄 evolutionary biology

The persistence and loss of hard selective sweeps amid admixture in ancient Eurasians

En appliquant un réseau de neurones adaptatif de domaine à plus de 800 génomes eurasiens anciens et modernes, cette étude révèle que les balayages sélectifs durs, bien que vulnérables à l'admixture, ont persisté pour de nombreux traits clés (neuronaux, reproductifs, de pigmentation) au cours des 7 000 dernières années, dominant ainsi l'histoire évolutive humaine.

Harris, M., Mo, Z., Siepel, A. + 1 more2026-02-26📄 evolutionary biology

The biogeography of the stripped Venus clam, Chamelea gallina, in the Mediterranean Sea indicates limited gene flow and shows evidence of local adaptation.

Cette étude démontre que, malgré une connectivité génétique élevée chez la Venus rayée (*Chamelea gallina*) dans la Méditerranée, l'adaptation locale aux conditions environnementales crée une structure populationnelle significative qui doit être prise en compte pour une gestion durable de l'espèce.

Benestan, L. M., Baeta, M., Saavedra, C. + 6 more2026-02-26📄 evolutionary biology

Divergent Biological Consequences of APOE Isoforms Across Industrialized and Non-Industrial Environments

Cette étude comparant les populations turkana et orang asli révèle que les effets biologiques de l'allèle APOE ε4 sur le cholestérol, l'immunité et la reproduction sont modulés par l'environnement, démontrant que les contextes industrialisés et non industrialisés modifient les coûts et les bénéfices de ce gène ancestral sans que celui-ci soit universellement avantageux dans les milieux traditionnels.

Watowich, M. M., Petersen, R., Brassington, L. + 19 more2026-02-26📄 evolutionary biology

The gene ivory:mir-193 controls scale type differentiation in Heliconius butterflies

Cette étude démontre que le locus *ivory:mir-193* agit comme un régulateur maître de la différenciation des écailles chez les papillons *Heliconius*, où *ivory* contrôle la variation des motifs alaires tandis que *mir-193* module la diversité des destins cellulaires en agissant comme un terminateur de transcription co-transcriptionnel.

Hanly, J. J., Camino, L., Loh, L. S. + 12 more2026-02-26📄 evolutionary biology